Diagnostic compagnon : Tendances technologiques

Companion Diagnostics

Les diagnostics compagnons (CDx) sont développés en parallèle du médicament en utilisant le modèle de co-développement de diagnostic médicamenteux. Le domaine s’est élargi à partir d’une poignée de médicaments oncologiques avec des diagnostics correspondants pour inclure plusieurs domaines thérapeutiques, et le nombre de combinaisons a considérablement augmenté au fil des ans.

Vous trouverez ci-dessous les principales tendances technologiques ayant un impact sur le thème CDx, telles qu’identifiées par GlobalData.

Big data et diagnostics compagnons

L’utilisation d’algorithmes qui emploient des mégadonnées pour faciliter la prise de décision clinique sera plus répandue à l’avenir. Ces algorithmes nécessitent généralement de grands ensembles de données avec de nombreuses variables telles que des informations génétiques ainsi que des caractéristiques cliniques, notamment l’activité et la progression de la maladie. À l’aide de ces informations, les cliniciens sont alors en mesure de prédire le pronostic et les options de traitement optimales en utilisant les caractéristiques au niveau du patient.

De nouvelles informations peuvent être ajoutées à la base de connaissances, mettant régulièrement à jour les algorithmes. L’agrégation de données provenant de différentes sources permet d’identifier des modèles qui ne seraient normalement pas identifiés si les points de données étaient analysés indépendamment. Des entreprises telles que Foundation Medicine, Congenica, deCODE Genetics et Illumina utilisent ce type d’approche pour leurs produits.

Intelligence artificielle (IA)

Les grands ensembles de données collectés en continu à partir de divers profils moléculaires, en plus du développement et du déploiement de dispositifs médicaux portables et d’applications de santé mobiles, ont permis une large application de l’IA. De nouvelles opportunités de recherche dans le diagnostic prédictif et la médecine de précision avec l’utilisation de l’IA sont apparues ces dernières années.

De nombreuses entreprises utilisent également l’IA dans leurs produits. Amplion, une société leader dans le domaine de l’intelligence médicale de précision, a récemment lancé Dx:Revenue, une plateforme d’intelligence logicielle qui utilise l’apprentissage automatique (ML) pour fournir des informations aux partenariats pharmaceutiques. Deep Genomics, une start-up torontoise, utilise l’IA pour réduire le nombre d’essais et d’erreurs coûteux dans la découverte de médicaments en analysant de grandes bases de données génomiques. La société vise à identifier des modèles dans de grands ensembles de données d’informations génétiques et de dossiers médicaux, à la recherche de mutations et de liens avec une maladie.

Test de biomarqueurs

Dans le domaine de la recherche et des soins contre le cancer, les biomarqueurs utilisés dans le développement de la médecine de précision offrent une opportunité stratégique aux développements technologiques pour améliorer la santé humaine et réduire les coûts des soins de santé. Les biomarqueurs du cancer peuvent être classés comme prédictifs ou pronostiques en fonction de leur utilisation. Les biomarqueurs prédictifs prédisent la réponse à des interventions thérapeutiques spécifiques telles que la positivité/l’activation de HER2, qui prédit la réponse au trastuzumab dans le cancer du sein.

Les biomarqueurs pronostiques peuvent ne pas être directement liés ou déclencher des décisions thérapeutiques spécifiques, mais visent plutôt à informer les médecins sur le risque de résultats cliniques tels que la récurrence du cancer ou la progression de la maladie à l’avenir. La recherche sur les biomarqueurs en est sans doute encore à ses débuts, car de nouveaux biomarqueurs sont encore en cours de découverte et leur utilité clinique est de mieux en mieux comprise.

Récemment, il y a eu une utilisation accrue des biomarqueurs dans les essais cliniques. Plus de 90 % des médicaments oncologiques qui entrent en développement clinique n’atteindront pas l’autorisation de mise sur le marché car les essais cliniques n’ont pas démontré de bénéfice thérapeutique, ce qui contribue à un développement coûteux et lent des médicaments anticancéreux. Le rôle des biomarqueurs devrait donc jouer un rôle important dans la minimisation du risque d’échec des essais cliniques.

Tests développés en laboratoire et diagnostics compagnons

Un test développé en laboratoire (LDT) est un type de test de diagnostic qui est conçu, réalisé et utilisé dans un seul laboratoire. En revanche, les tests de diagnostic in vitro (IVD) sont des tests de diagnostic approuvés par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis, vendus sous forme de kits complets qu’un laboratoire achète auprès d’un fabricant. De nombreux laboratoires optent pour l’utilisation de LDT car ils sont généralement beaucoup moins réglementés que les CDx commerciaux. En conséquence, les laboratoires des centres médicaux ont été à la pointe de la médecine de précision, développant rapidement des tests pour les maladies rares, les menaces pour la santé publique et l’oncologie.

Dans les marchés émergents, le coût élevé des kits de test importés, les processus de remboursement mal définis et le secteur privé de l’assurance-maladie sous-développé ont poussé à l’utilisation des LDT. Néanmoins, certains LDT (tels que ceux pour les cancers de l’ovaire et du col de l’utérus) ont été associés à de graves problèmes de sécurité.

Séquençage de nouvelle génération (NSG)

Les technologies de séquençage ont rapidement progressé ces dernières années, passant des méthodes de séquençage traditionnelles de première génération telles que Sanger au séquençage de deuxième génération plus avancé tel que NGS. Bien que très précis, le séquençage Sanger a une faible sensibilité, peut être complexe et prendre du temps, et n’est pas normalisé en termes de pratique de laboratoire. NGS permet le séquençage rapide et précis d’un génome entier à la fois en fragmentant l’ADN et en séquençant ces fragments de manière automatisée et parallèle.

Le NGS peut être utilisé pour le séquençage du génome entier, le séquençage de l’exome, le séquençage du transcriptome (séquençage de l’ARN) et le séquençage ciblé de panels multigéniques. Le séquençage à l’échelle du génome a permis des avancées majeures dans la compréhension des bases moléculaires du cancer. Les médecins sont en mesure de séquencer les tumeurs de leurs patients pour les associer à des thérapies conçues pour cibler les altérations génétiques à l’origine de la croissance de la tumeur.

De nombreuses entreprises capitalisent sur le besoin de traitements personnalisés en proposant différentes technologies NGS. Illumina propose le séquençage par synthèse avec son système Solexa et le séquençage des semi-conducteurs avec son système Ion Torrent, tandis que Thermo Fisher propose le séquençage par ligation avec son système SOLiD/Life Technologies.

Biopsies liquides

Le diagnostic et le dépistage des tumeurs par des méthodes non invasives représentent un changement de paradigme important dans la médecine de précision. Les tumeurs sont très hétérogènes et les méthodes de détection des tumeurs telles que les biopsies tissulaires sont invasives et ne reflètent pas entièrement la dynamique tumorale ou la sensibilité au traitement. Un domaine de recherche active a été l’évaluation de sources alternatives de matériel d’essai. Plus récemment, les biopsies liquides – la détection de mutations à partir de l’ADN tumoral circulant (ctDNA) trouvé dans le plasma des tumeurs primaires – ont gagné en popularité.

L’obtention de suffisamment de tissu tumoral pour les tests peut être assez difficile, en particulier lorsque l’échantillon de biopsie est insuffisant et que les procédures invasives présentent un risque pour la santé des patients. Par exemple, environ 27 à 31 % des patients atteints d’un carcinome pulmonaire non à petites cellules (NSCLC) ne sont pas en mesure de fournir un échantillon approprié lors du diagnostic. Les biopsies liquides sont une méthode alternative peu invasive. De plus, l’analyse génomique de l’ADNct a le potentiel d’offrir un aperçu de plusieurs sites métastatiques. Ceci est particulièrement utile dans les contextes d’hétérogénéité génomique accrue, comme chez les patients présentant une résistance au traitement.

Il existe un nombre limité de biopsies liquides commercialisées à utiliser comme diagnostic compagnon sur le marché. Des sociétés telles que Roche et Amoy diagnostics vendent des biopsies liquides qui détectent les mutations du récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) (biomarqueur NSCLC) dans l’ADNct, Sysmex vend des biopsies liquides qui détectent les mutations KRAS (biomarqueur du cancer colorectal), tandis qu’Illumina a récemment annoncé le lancement de son premier solution de biopsie liquide pour la détection de biomarqueurs du cancer.

Il s’agit d’un extrait édité du Compagnon Diagnostic – Recherche thématique rapport produit par GlobalData Thematic Research.

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